据介绍，二期工程码头岸线长1400米，前沿水深16米，建设4个7万吨级集装箱泊位(兼顾15万吨集装箱船靠泊)，陆域面积88.83万平方米，设计年通过能力为210万吨标准箱。至此，洋山深水港区一、二期码头整体形成3000米岸线、9个集装箱泊位，设计吞吐能力达到430万标准箱。

　　洋山深水港二期东端与一期工程相连，码头岸线长1400米，前沿水深达16米，建设4个7万吨级集装箱泊位，陆域面积达88.83万平方米，设计年通过能力为210万标准箱。二期码头配置12台集装箱装卸桥，其中10台为具有世界先进水平的双40英尺双起升、外伸距65米、吊下起重量80吨的装卸桥，可满足10万吨级集装箱船全天候通行要求。 

　　洋山深水港二期工程于2006年12月10日建成投产，有效地缓解了上海港集装箱吞吐能力不足的矛盾。一、二期码头整体形成了3000米岸线、9个集装箱泊位。今年1至8月，一、二期码头共完成集装箱385万标准箱，预计今年可完成560万标准箱，超额完成任务。

　　据统计，今年1—8月，一、二期港区整体运行累计完成集装箱吞吐量385万标准箱，预计全年可完成580万标准箱以上，将有效缓解上海港集装箱吞吐能力不足的矛盾，进一步巩固上海港国际航运中心的地位。

　　据介绍，从2004年起，洋山深水港建设指挥部每年都向洋山海域投放大量的鱼苗蟹种，以保持洋山地区优越的海洋环境。三年多来，累计投放大黄鱼1202万尾、黑鲷227万尾、日本对虾6428万只、清蟹91万只、三疣梭子蟹1576万只，仅购买这些苗种的费用就达到1252万元，几乎每种海洋生物的投放数量都远远超过预算，有的甚至达到3倍以上。同时，在每年5至6月的鱼类产卵期，洋山港建设者也尽量减少海上作业，给“鱼妈妈”创造一个相对安逸的“育婴”环境。

　　除了保护渔业资源，洋山港建设者对控制污染也动足了脑筋。洋山港作为上海国际航运中心的枢纽，每天进出的大型集装箱船和各类施工船不计其数，这些船舶的生活垃圾和含油污水是对洋山环境的最大威胁。为了对这些污染物进行集中收集，建设者们特意花巨资修建了一艘500吨的垃圾收集船舶，作为洋山港的专业“清洁工”。同时，港区坚持按照“清污分流”的原则优化排水方案，先后建设了3套生活污水处理设施，凡是芦潮港辅助区和危险品作业区产生的污水必须经过预处理达标后，才能进入城市污水处理系统。