水上运输一直是崇明三岛居民出行、物资往来的“黄金生命线”。随着长兴岛作为国家大型造船基地开始动工建设，大批建设者成了岛上新居民，居民数量翻了一番还多，水上交通自然难堪重负。而随着崇明、横沙旅游资源的开发，每周末来往两岛的人数也是节节攀高。

　　根据新的规划，今后宝山前往崇明三岛的各个码头将重新定位：宝杨路码头将以客运为主，石洞口码头则将以车渡为主，而吴淞客运中心将逐渐转型为旅游码头，主要靠泊长江游船和国际邮轮。为此，大规模的码头扩容工程将逐一启动——石洞口码头将新增一条车客渡引桥，并新建一座大型停车场，而宝杨路码头现有的两层候船楼也将翻新，候船能力将从现有的2000人扩大到4000人。同时，三岛水运还将增加市区售票点。未来，市民更有望在网上购买电子船票，足不出户就可以查到航班的运行情况。

　　此外，市港口局航监处、码头中心等部门已与三岛港航企业形成了每周一次的联席会议制度。通过会诊，分时候船、错时运输、三岛水运新方案被逐一推出。